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Continuando con la semblanza de Emilio El Indio Fernández Romo, realizó las películas Bugambilia, Las Abandonadas y Pepita Jiménez en 1944. 

En 1945 rodó La Perla, considerada por la crítica como una obra de arte. Después vinieron películas que consolidaron su éxito: Enamorada, con María Félix; El Fugitivo; Río Escondido; Pueblerina, y Maclovia.

 En 1948, con Salón México, protagonizada por Marga López, ganó el premio a mejor fotografía en el festival de Bruselas, Bélgica. Dos años después filmó Víctimas del Pecado y Cuando Levanta la Niebla. 

En Cuba, el también guionista y argumentista realizó La Rosa Blanca y La Red en 1953, ésta resultó un fracaso en taquilla, a pesar de la belleza de sus imágenes; sin embargo, ganó un premio especial por la historia mejor narrada en imágenes, en el festival de Cannes, Francia. 

En 1961 hizo Pueblito, que ganó el premio Las Perlas del Cantábrico, en el festival de cine de San Sebastián. 

En el ámbito de la actuación, El Indio realizó un gran trabajo en la década de los 60: La Bandida, de Roberto Rodríguez en 1962; Yo, El Valiente, de Alfonso Corona Blake en 1964 y La Noche de la Iguana, de John Huston, filmada en Estados Unidos en 1964 y en la cual compartió créditos con Richard Burton y Ava Gardner. También apareció en Los Hermanos Muerte, de Rafael Baledón, en 1964; Duelo de Pistoleros, de Miguel M. Delgado, en 1965; El Regreso de los Siete Magníficos, de Burt Kennedy, filmada en Estados Unidos en 1966 y The Appaloosa, de Sydney J. Furie, también filmada en Estados Unidos en 1966, protagonizada por Marlon Brando. 

En 1973 filmó La Choca, película con la que ganó el Ariel de Plata por mejor dirección, actuación femenina, coactuación femenina, fotografía y edición, así como el premio a la mejor dirección en el festival de Karlovy Vary, en Checoslovaquia. 

Se cuenta, que en 1928, el director de arte de la Metro Goldwin Meyer, Cedric Gibbons, fue el encargado de diseñar la hoy famosa estatuilla llamada El Oscar, a sugerencia de su esposa, la famosa actriz mexicana Dolores del Río, dibujo a Emilio Fernández desnudo, sosteniendo una larga espada, que reposa en un riel de película con cinco agujeros, uno por cada rama original de la academia: actores, escritores, directores, productores y técnicos, para que sirviera de modelo para la estatuilla, que cada año se entrega a lo mejor del cine internacional. Emilio El Indio Fernández murió a causa de las complicaciones que tuvo por una fractura en la clavícula el 6 de agosto de 1986, en su casa de Coyoacán, acompañado por su hija Adela y Columba Domínguez, quien fue una de sus cuatro esposas. 

El 26 de marzo de 2004, con motivo del centenario de su natalicio, sus restos mortales fueron trasladados al mineral de El Hondo, municipio de Sabinas, con la autorización de su hija, la cuentista Adela Fernández. 

Emilio El Indio Fernández, es hoy por hoy, uno de los máximos exponentes de la cinematografía nacional e internacional, orgullosamente nacido en Coahuila.