“La región donde en la actualidad se ubica Allende, fue poblada originalmente por los indígenas chajuanes, mezcales y xarames. El 24 de junio de 1699, se fundó una misión en ese paraje por los religiosos franciscanos fray Diego Salazar y fray Francisco Hidalgo, con el nombre de misión de San Juan y estuvo ubicada en el lugar que se le conoce como “Los Bañaderos”, donde en aquellos años corría el agua de las fuentes de Allende, Nava y Morelos, por un canal construido en parte, que recorría 90 kilómetros hasta la presa de San Lucas. A Los Bañaderos también se le conocía como Río de los Sabinos, donde según la tradición oral, en ese lugar se podían apreciar otras cimentaciones que correspondían a la segunda fundación de la misión de San Juan Bautista. A la fundación de los padres Diego Salazar y Francisco Hidalgo, se descubrió como cambio del valle de la Circuncisión, según Canuto Muñoz, quien también afirma que los antiguos pobladores de Allende provenían de San Juan Bautista (Guerrero) y al lugar lo conocían como Nuevo San Juan. 

El paraje se despobló durante toda la época colonial y casi al final de esta época, se hace un primer deslinde el 17 de octubre de 1816, que era de cuatro leguas y pertenecía a la hacienda de Las Talegas y Chupadero de Chamacuero y se adjudicó en remate al Señor Manuel Flores, deslinde efectuado por José Nicolás Elizondo, hermano de Ignacio, de triste recuerdo por haber encabezado la aprehensión de los caudillos de la independencia en Baján, en 1811. Ya con el país en paz, siendo gobernador de Coahuila y Tejas el monclovense, don Víctor Blanco, ordena el 16 de marzo de 1826, la formal creación de la villa de San Juan de Mata de Allende, para lo cual comisiona al mismo José Nicolás Elizondo a que haga el reparto y deslinde de las tierras y aguas entre un grupo de vecinos y colonos. 

De las actas originales de la fundación, del que sacó copia de los originales don Juan Gutiérrez y donó a uno de los descendientes de José Nicolás Elizondo, el señor don Calixto Elizondo, extractamos algunos interesantes datos de la fundación: “Yo, José Nicolás Elizondo a los veinte días del mes de junio de 1826, habiendo llegado el día de ayer, con el objeto de dar principio a la formación de esta Villa. Pasó acompañado del Ilustre ayuntamiento y algún vecindario a la iglesia, en donde se hizo una misa de Espíritu Santo en donde se imploró su divino auxilio. Concluyendo dicho acto religioso regresó a mi morada, para esperar la llegada de los apoderados de las villas colindantes. Así lo determiné y lo firmé con los testigos presenciales, doy fe.- José Nicolás Elizondo” y también firman como testigos don Gabriel Tenorio y don Pedro Reyes.” (Tomado de la columna periodística “Las Cosas de Coahuila” de Álvaro Canales Santos.)